一、犯罪目的不同。挪用公款罪以非法占用为目的，即暂时地挪用公款归个人使用;贪污罪以非法占有为目的，即意图永远地非法占有公共财物。1、行为人挪用公款归个人使用，因“客观原因”导致一审宣判前不能退还的，仍然以挪用公款罪定罪处罚。但是，挪用公款后“有能力退还而拒不退还的”，以贪污论;2、挪用公款后“畏罪潜逃的”，仍是挪用公款性质;但是“携款潜逃的”，以贪污论。行为人以“挪用”的方式取得公款后，携带公款潜逃、挥霍公款、使用公款进行违法犯罪活动等，致使公款在提起公诉前不能退还的，说明行为人已经实际具有非法占有公共财物的故意，应以贪污罪论处。
二、行为手段不同。挪用公款罪的行为手段是擅自私用公款，实际案件中行为人一般没有涂改、销毁、伪造账簿的非法行为;贪污罪的行为手段是侵吞、窃取、骗取等非法手段，实际案件中行为人往往有涂改、销毁、伪造账簿的非法行为。
三、行为对象有所不同。挪用公款罪的对象仅限于公款;贪污罪的对象是公共财物，既包括公款，也包括公物。